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OpenELIS PostgreSQL에 결과 기준 범위 가져오기: 단계별 가이드

이 가이드는 셸 스크립트와 CSV 파일을 사용하여 결과 기준 범위 데이터를 OpenELIS PostgreSQL 데이터베이스로 가져오는 전체 절차를 설명합니다.

사전 요구사항

환경 설정: OpenELIS PostgreSQL 데이터베이스에 접근할 수 있는 openelisdb-1 컨테이너 안에서 작업해야 합니다.
필요한 파일:
셸 스크립트: copy-result-range.sh
CSV 파일: result-ranges.csv

단계별 지침

필요한 파일 다운로드 및 복사

Bahmni/bahmni-scripts 저장소에서 셸 스크립트를 내려받고 결과 범위를 CSV 형식으로 정의한 다음 bahmni-docker 폴더의 올바른 디렉터리로 복사합니다.

셸 스크립트: /bahmni-docker/bahmni-standard/scripts/copy-result-range.sh
CSV 파일: /bahmni-docker/bahmni-standard/openelis-db-dump/data/result-ranges.csv

CSV 구조 result-ranges.csv가 아래와 같은 올바른 형식인지 확인합니다.

Concept UUID,Gender,Min Age,Max Age,Normal Low,Normal High,Valid Low,Valid High

볼륨 마운트 구성

Docker Compose 파일의 openelisdb 서비스 구성을 수정하여 스크립트와 CSV 파일을 컨테이너에 마운트합니다.

Docker Compose 구성:

openelisdb:
    profiles: ["openelis","bahmni-standard"]
    image: '${OPENELIS_DB_IMAGE_NAME:?[ERROR]}'
    volumes:
      - '${OPENELIS_DB_DUMP_PATH}:/resources/db-dump'
      - 'openelisdbdata:/var/lib/postgresql/data'
      # Volume mount both the files into the resources subfolder
      - './scripts/copy-result-range.sh:/resources/copy-result-range.sh' 
      - './openelis-db-dump/data/result-ranges.csv:/resources/result-ranges.csv'
    healthcheck:
      test: ['CMD-SHELL', 'pg_isready -h localhost -U postgres']
      interval: 10s
      timeout: 5s
      retries: 5
    environment:
      POSTGRES_USER: ${OPENELIS_DB_USER:?}
      POSTGRES_PASSWORD: ${OPENELIS_DB_PASSWORD:?}
      POSTGRES_DB: ${OPENELIS_DB_NAME:?}
    logging: *log-config
    restart: ${RESTART_POLICY}

스크립트 권한 설정

openelisdb-1 컨테이너에 접근하여 스크립트에 실행 권한이 있는지 확인합니다.

cd resources && chmod +x copy-result-range.sh

스크립트 실행

적절한 환경 변수를 사용하여 스크립트를 실행합니다.

CSV_FILE_PATH="result-ranges.csv" \
POSTGRES_DB="clinlims" \
POSTGRES_USER="clinlims" \
./copy-result-range.sh

참고사항

CSV 파일 접근성: result-ranges.csv 형식이 올바르고 스크립트 실행 환경에서 접근 가능한지 확인합니다.
검사 결과 범위: result-ranges.csv에 추가한 범위 값에는 결과 단위를 포함하지 마십시오. 필드는 숫자만 허용하며 숫자가 아닌 문자가 있으면 오류가 발생합니다.
검사 단위: 검사 결과 범위가 해당 검사를 정의한 단위 기준인지 확인합니다.
Concept UUID 일치: CSV의 Concept UUID가 OpenMRS 사전의 검사 UUID와 일치하는지 검증합니다.
환경 변수: OpenELIS PostgreSQL 설정에 맞춰 다음 값을 검토하고 구성합니다. POSTGRES_DB: 데이터베이스 이름(예: clinlims), POSTGRES_USER: 데이터베이스 사용자(예: clinlims), POSTGRES_HOST: 데이터베이스 호스트(기본값 localhost), POSTGRES_PORT: 데이터베이스 포트(기본값 5432).

문제 해결

문제가 발생하면 다음을 확인하십시오.

Docker Compose 파일이 올바르게 구성되고 볼륨이 적절히 마운트되었는지 확인합니다.
셸 스크립트에 올바른 권한과 실행 권한이 있는지 확인합니다.
환경 변수에 CSV 파일 경로가 정확히 지정되었는지 확인합니다.
환경 변수가 OpenELIS PostgreSQL 데이터베이스 구성과 일치하는지 확인합니다.

결론

이 단계를 따르면 제공된 셸 스크립트와 CSV 파일을 사용하여 결과 기준 범위 데이터를 OpenELIS PostgreSQL 데이터베이스로 가져올 수 있습니다.

원문 정보

Bahmni Wiki · CC BY-SA 4.0

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